Năm học 2020 – 2021, Trường THPT Kim Liên vẫn hoạt động theo mô hình trường công lập với mức thu học phí 217.000 đồng/ tháng. Những năm tiếp theo, nếu được phê duyệt đề án trường chất lượng cao, nhà trường sẽ thực hiện lộ trình bắt đầu từ lớp 10 mới.