Hệ vi sinh ruột bao gồm nhiều loại vi sinh vật như vi khuẩn, nấm, vi rút thường trú tại ruột và có tác động lên nhiều quá trình sinh lý của cơ thể như điều hòa hệ miễn dịch hoặc chuyển hóa. Đa số các vi sinh vật này là các loại vi khuẩn, do vậy hệ vi sinh ruột dễ bị tác động bởi kháng sinh.