Theo thông tin trên Linkedin, ông Nguyễn Duy Khánh tốt nghiệp Trường Đại học Ngoại Thương (2009-2013) và Đại học Luật Hà Nội (2011-2015), trong đó có giai đoạn ông học song song hai đại học. Sau đó, ông cũng tiếp tục học và tốt nghiệp thạc sĩ chuyên ngành Luật – Kinh doanh quốc tế của Đại học Ngoại Thương.