Ngoài quyết định khởi tố bị can về tội "Giết người", cơ quan điều tra đang củng cố hồ sơ để xử lý Nguyễn Minh Phụng về hành vi giao cấu với người từ đủ 13 tuổi đến dưới 16 tuổi.
Do cháu bé khóc liên tục, gã người tình của mẹ đã dùng tay đánh mạnh, sau đó tiếp tục dùng tay bóp mặt lắc qua lắc lại khiến nạn nhân chấn thương sọ não, tử vong.
Ban đầu, đối tượng khai rằng bé bị bệnh xương thủy tinh nên dễ bị gãy xương chứ không phải do bị bạo hành. Tuy nhiên, trước những bằng chứng không thể chối cãi của cơ quan chức năng đưa ra, gã người tình thừa nhận mình đã nhiều lần bạo hành cháu bé.