Sau khi làm rõ những bất thường về điểm thi môn Toán, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Tuyên Quang đã khởi tố vụ án, khởi tố 4 bị can. Trong đó có Trưởng điểm thi và thư ký điểm thi bị cáo buộc lợi dụng chức vụ, quyền hạn để can thiệp vào kỳ thi.