Có nhiều phương pháp chủng ngừa khác nhau như tiêm trong da, dưới da, tiêm bắp hay uống. Ví dụ: vắcxin ngừa lao (BCG) tiêm trong da ở vai bên trái là quy định chung của chương trình tiêm chủng mở rộng. Vắcxin Sabin ngừa bệnh bại liệt thì uống. Vắcxin bạch hầu-ho gà-uốn ván, viêm gan siêu vi B, thương hàn, viêm màng não do Hib thì tiêm bắp. Các vắcxin sởi, sởi-quai bị-rubella, viêm não Nhật Bản...tiêm dưới da.